Hoe kin PDB bestannen iepenje, bewurkjen en konvertearje
In triem mei de PDB- triemferbettering is it wierskynlik dat in triem makke is yn it programma databankformaat dat brûkt wurdt om ynformaasje te befetsjen oer in programma of module, lykas in DLL- of EXE- bestân. Se wurde soms symboal-bestannen neamd.
PDB-triemmen mapje ferskate komponinten en deklatoasjes yn in boarne koade nei it lêste kompilearre produkt, wêrtroch de debugger dan brûke kin om de boarne-bestân te finen en de lokaasje yn 'e útfierber wêryn it it debugjenproses stopje moat.
Guon PDB-bestannen kinne ynstee wêze yn it triemformaat fan it Protein Data Bank. Dizze PDB-bestannen binne gewoan tekstdokten dy't koördinearren wikselje oer proteinestrukturen.
Oare PDB-triemmen binne wierskynlik makke yn 'e Palm-database of PalmDOC-bestânsysteem en wurde brûkt troch it PalmOS mobile- bestjoeringssysteem . Guon triemmen yn dit formaat brûke de .PRC-triem útwreiding ynstee.
Hoe kinne jo in PDB-bestân iepenje
Ferskillende programma's brûke in eigen PDB-bestân om data yn wat soart strukturearre databankfoarm te bewarjen, sadat elke tapassing brûkt wurdt om in eigen type PDB-bestân te iepenjen. Sünder, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio en Pegasus binne mar in pear foarbylden fan programma's dy't in PDB-bestân brûke kinne as database-bestân. Radare en PDBparse kinne ek wurkje foar it iepenjen fan PDB-bestannen.
Guon PDB-bestannen binne as teksttriem opslein, lykas Geneious 'Program Debug Database triemmen, en binne folslein minsklik lêzen as iepene yn in tekstredakteur. Jo kinne dizze soarte PDB-bestân iepenje mei elke programma dat tekstdokuminten lêze kin, lykas it ynboude Notepad-programma yn Windows. Guon oare PDB-bestannen en redaksjes binne ûnder oaren Notepad ++ en Brackets.
Oare PDB-databestapten binne gjin tekstdokuminten en binne allinnich brûkber as it iepene is mei it programma dat it foar bedoeld is. As jo bygelyks as jo PDB bestân op ienige manier oan Quicken ferbûn is, besykje probearje mei dizze software om it PDB-bestân te besjen of te bewurkjen. Visual Studio ferwachtet in PDB-bestân yn itselde map te sjen as it DLL- of EXE-bestân.
Jo kinne PDB-triemmen besjen en bewurkje, dy't Protein Data Bank-bestannen binne, yn Windows, Linux en macOS mei Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB, en USCF Chimera kinne ek in PDB-bestân iepenje. Omdat dizze bestannen gewoane tekst binne, kinne jo de PDB-triem yn in tekstredakteur iepenje.
Palm Desktop moat PDB-triemmen iepenje kinne dat yn it PalmDate-triemformaat binne, mar jo moatte it earst neame om de .PRC-triemferbining te wiskjen om dit programma te erkennen. Om in PalmDOC PDB triem te iepenjen, probe STDU Viewer.
Konvertearje in PDB-bestân
Programma databank bestannen kinne meastal net konvertearre wurde yn in oare bestânformaat, op syn minst net mei in reguliere triemkonverter-tool . Oarsom, as der in tool is dat dizze soarte PDB-bestân konvertearje kin, soe it itselde programma wêze dat it iepenje kin.
As jo bygelyks bygelyks jo PDB-databestân fan Quicken konvertearje, besykje it programma te brûken om dit te dwaan. Dizze type fan konversaasje is lykwols wierskynlik net allinnich fan lyts gebrûk, mar ek net stipe yn dizze database-tapassingen (dus jo moatte wierskynlik net nedich wêze om dizze soarte PDB-bestân nei elk oare formaat te ferfarskjen).
Protein Data Bank-bestannen kinne konvertearre wurde yn oare formaten mei MeshLab. Om dit te dwaan moatte jo it PDB bestân earst yn 'e WRL ferpleatse mei PyMOL út it bestân fan menu > Triem> bewarje as> VRML , en ymportearje it WRL-bestân yn MeshLab en brûk it menu " File> Export Mesh As " triem nei STL of in oar triemformat.
As jo it model net nedich binne yn kleur, kinne jo it PDB-bestân direkt nei STL eksportearje mei USCF Chimera (de downloadlied is boppe). Oars kinne jo deselde metoade lykas hjirboppe (mei MeshLab) brûke om PDB nei WRL te konvertearjen mei USCF Chimera en dan it WRL-bestân nei STL te eksportearjen mei MeshLab.
Om PDB nei PDF of EPUB te konvertearjen, as jo in PalmDOC-bestân hawwe, is mooglik in tal manieren mooglik, mar de maklikste is wierskynlik in online PDB-konvertearder lykas Zamzar . Jo kinne jo PDB-bestân op dizze webside oanmeitsje om de opsje fan it konvertearjen te meitsjen oan dizze formaten as foar AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT, en oare eBook-triemfoarmen.
Om de PDB-bestân yn it FASTA-formaat te ferfarskjen kin ferteld wurde mei online PDB fan Meiler Lab oan FASTA-converter.
It is ek mooglik om PDB op CIF (Crystallographic Information format) online te wikseljen mei PDBx / mmCIF.
Avansearre lêzing op PDB-bestannen
Jo kinne in soad mear lêze oer Programma databestaksjes fan Microsoft, GitHub, en Wintellect.
Der is mear te witten oer Protein Data Bank-bestannen ek; sjoch Worldwide Protein Data Bank en RCSB PDB.
Is jo triem doch noch net iepen?
PDB-triemmen dy net iepenje mei ien fan 'e arken fan boppe, binne wierskynlik net PDB bestannen. Wat miskien is, is dat jo de triem-útwreiding falle; Guon triemformaten brûke in sifix dy't suvere ".PDB" as se echt net ferantwurdlik binne en itselde net wurkje.
Bygelyks in PDF-bestân is in dokumintriem, mar de measte fan 'e programma's fan boppesteande sil de tekst en / of ôfbyldings net goed rjochtsje as jo besykje ien te iepenjen mei dizze softwareprogramma's. Itselde is foar oare bestannen lykas PD-bestannen, lykas PD, PDE, PDC, PDO-bestannen.
PBD is in oar dy't heart by it programma EaseUS Todo Backup en is dêrom allinich nuttich as jo iepene hawwe mei dizze software.
As jo gjin PDB-triem hawwe, dan ûndersiik de triemferbettering dat jo bestân hat dat jo de oanfoljende programma fine dat jo iepene of konvertearje.